Le musée remonte à 1694, soit un siècle avant la création des musées après la Révolution française (le Louvre ouvre en 1793). En 1694, Jean-Baptiste Boisot, abbé de Saint-Vincent, lègue ses collections aux bénédictins de la ville, à condition qu’elles soient mises à la disposition du public.
Les ouvrages et œuvres d’art réunis proviennent des collections ayant appartenu à Nicolas Perrenot de Granvelle et à son fils Antoine.
A partir de 1843, les collections augmentées des saisies révolutionnaires sont installées dans la nouvelle halle aux grains, conçue par l’architecte Pierre Marnotte. L'art cohabite ainsi quelque temps avec les activités commerciales de la halle.
En 1849, le musée d’Archéologie est créé à son tour et rejoint ce même lieu.
Au 20e siècle, le dépôt de la collection George et Adèle Besson est à l’origine du réaménagement du musée par l’architecte Louis Miquel, disciple de Le Corbusier, qui de 1967 à 1970, fait édifier une structure en béton brut, composée d’une succession de plans inclinés scandés par des paliers irréguliers s’élevant au cœur de l’édifice et sous la verrière couvrant l’atrium du bâtiment.
Parcours ascensionnel, vues offertes par les ouvertures intérieures l’architecture de Miquel produit l’effet d’un labyrinthe.
De fait, j'ai détesté ce parcours très pénible, d'autant qu'il y peu d'oeuvres marquantes, et que les collections sont rassemblées de manière plus ou moins thématiques, pour ne pas dire pêle-mêle.
J'ai toujours un ricanement pour les peintures religieuses prétendûment édifiantes qui ne sont que prétexte à érotisme. Celle qui suit en est un exemple typique.